In Trägerschaft der Evangelischen Schulstiftung befinden sich 17 der nach 1989 in Mecklenburg-Vorpommern gegründeten evangelischen Schulen. Mehrere davon sind mit einer Kindertages-seinrichtung (Hort) verbunden. Einige haben sich zu staatlich beurkundeten Ganztagsschulen entwickelt.

Die Schulstiftung berät Initiativen zur Gründung evangelischer Schulen. Sie begleitet und koordiniert den Aufbau, die strukturelle und pädagogische Entwicklung neu gegründeter Schulen, entlastet die Schulen von Organisations- und Verwaltungsaufgaben und vertritt die Schulen in rechtlichen und bildungspolitischen Fragen.